Fakultas Agama Islam Universitas Muslim Indonesia memiliki 6 Program Studi:
1. Komunikasi dan Penyiaran Islam (KPI).
2. Hukum Ekonomi Syariah – (HES)
3. Hukum Keluarga Islam /Ahwal Asy Syakhshiyah (HKI)
4. Pendidikan Agama Islam (PAI)
5. Pendidikan Bahasa Arab (PBA)
6. Pendidikan Guru Kelas MI (PGMI)
Semua program studi sudah terakreditasi (B)